中国生态经济学会的最高权力机构是会员代表大会，会员代表大会每届四年，理事会是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导本学会开展日常工作，对会员代表大会负责。
中国生态经济学会第六届理事会由理事长1名,副理事长25名，常务理事75名，秘书长２名，副秘书长4人,理事150名组成。学会聘请了32位知名专家学者为顾问。
中国生态经济学会下设10个专业委员会
（理论与发展专业委员会、农业生态经济专业委员会、林业生态经济专业委员会、城市生态经济专业委员会、区域生态经济专业委员会、资源与环境经济专业委员会、生态经济教育专业委员会、塌陷生态经济专业委员会、工业生态经济与技术专业委员会、生态恢复专业委员会）
中国生态经济学会设立有秘书处、对外联络部、科技开发部、编辑部等学会办事机构。
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